Accompagnant son père Claude en Acadie lors de l’expédition organisée par Jean de Biencourt de Poutrincourt en 1610, Charles de La Tour se lie d’amitié avec Biencourt fils, demeurant avec lui en Acadie après la destruction de Port-Royal en 1613.

Habile commerçant, le sieur de La Tour se livre pendant plusieurs années à la traite des fourrures avec les Amérindiens. Il épouse même une Amérindienne vers 1625. Il est à l’origine de la construction de plusieurs postes de traite dont celui du Cap-Sable et celui à l’embouchure de la rivière Saint-Jean.

De 1624 à 1631, Charles de La Tour succède au sieur de Biencourt fils comme commandant de la colonie, écrivant d’ailleurs au Cardinal de Richelieu en se déclarant « enseigne et lieutenant du sieur de Biencourt-Poutrincourt. » Au décès de Biencourt, La Tour affirme que « par testament il l'a constitué en son lieu et place, et laissé ses terres et équipages... ».

La mort du gouverneur Isaac de Razilly en 1636 vient toutefois brouiller les ambitions du sieur de La Tour. En effet, une longue lutte pour le pouvoir l’oppose à la famille du défunt, représentée en Acadie par le sieur Charles de Menou d’Aulnay. Les forces des deux hommes sont réparties de façon égale : alors que La Tour, lieutenant en Acadie depuis 1631, est appuyé par la Compagnie de la Nouvelle-France, d’Aulnay est appuyé par le roi. En 1645 toutefois, plusieurs événements consacrent la défaite de La Tour : divers revers sur le plan militaire, dont la capture de son fort à l’embouchure de la rivière Saint-Jean par le sieur d’Aulnay, et le décès de son épouse Françoise-Marie Jacquelin peu de temps après.

Charles de Saint-Étienne de La Tour revient en Acadie suite à la mort du sieur d’Aulnay en 1650. Afin de mettre un terme aux querelles qui l’opposent à la famille de son ancien rival, il épouse la veuve de celui-ci, Jeanne Motin de Reux, en 1653. Fait prisonnier lors de l’attaque de Robert Sedgwick contre Port-Royal en 1654, il sera transporté en Angleterre. Libéré après avoir prêté allégeance à l’Angleterre en 1656, il retourne au Cap-Sable où il décède vers 1664. Il est sans contredit l’un des plus importants acteurs de l’Acadie du 17e siècle.