C’est vraisemblablement en 1653, alors qu’il n’a que treize ans, qu’Alexandre Le Borgne met le pied en Acadie pour la première fois, quittant La Rochelle avec son père Emmanuel, marchand banquier et principal créancier des propriétés acadiennes du sieur d’Aulnay. Arrivé en Acadie, Emmanuel Le Borgne cherche à rassembler les pièces du commerce mené par d’Aulnay. Ses tentatives ne s’avèrent pas un succès toutefois car en 1654 Port-Royal tombe aux mains d’une attaque anglaise commandée par Robert Sedgwick.

L’année suivante, alors que son père retourne en France, Alexandre Le Borgne tente de reprendre contrôle de l’Acadie. En mai 1658, il s’installe à La Hève, croyant que les Anglais avaient lâché prise. Toutefois, Thomas Temple, propriétaire du territoire selon les documents officiels anglais, fait le voyage de Boston et attaque le fort improvisé par Le Borgne. Ce dernier est blessé durant la bataille et conduit à Boston, où il sera emprisonné pendant quelques années.

Par le traité de Bréda toutefois, signé en 1667, l’Acadie est remise aux mains des Français et dès octobre 1668, Le Borgne est de retour à Port-Royal arborant provisoirement le titre de commandant de l’Acadie. Il reçoit également une concession seigneuriale à Grand-Pré, dans le bassin des Mines. Alexandre Le Borgne de Bélisle, seigneur de Port-Royal, sera un acteur de premier plan de la colonie acadienne. Vers 1675, il avait épousé Marie de Saint-Étienne de La Tour, fille du sieur Charles de Saint-Étienne de La Tour et de Jeanne Motin de Reux.