Natif de Boston, diplômé du Harvard College, de Cambridge University et de Princeton University (alors le College of New Jersey), Jonathan Belcher est nommé juge en chef de la Nouvelle-Écosse en 1754. Issu d'une famille notable de la Nouvelle-Angleterre, son grand-père paternel siégeait au Conseil du Massachusetts, son grand-père maternel était lieutenant-gouverneur du New Hampshire, et son père aura été successivement gouverneur du Massachusetts et du New Hampshire, puis gouverneur du New Jersey. Siégeant au Conseil de la Nouvelle-Écosse, Belcher est appelé à intervenir, en juillet 1755, sur la question de la Déportation des Acadiens. Dans l'avis juridique qu'il émet, Belcher qualifie les Acadiens de sujets « rebelles » à la couronne britannique et recommande leur expulsion. À la mort du gouverneur de la Nouvelle-Écosse, Charles Lawrence, en 1760, Belcher n'accède pas à ce poste qu'il convoite, mais plutôt à celui de lieutenant-gouverneur de la Nouvelle-Écosse, poste qu'il occupera jusqu'en 1763.